滿清從入關至完全統一全中國，前後花費了四十載光陰。這四十年間，清廷需要對付的反抗力量，有明末民變隊伍之餘部，有南明諸王的軍隊，還有重新反叛的明朝降將之勢力。滿清之統一全國大致經歷了如下三個步驟:(1)消滅南明諸王(1644-1662年);(2)戡定三藩之亂(1673-1680年);(3)平服鄭氏政權(1662-1683年)。南明諸王政權抗清之始末，已見上述，下面主要分別敘述三藩之亂及臺灣鄭氏政權之抗清。

三藩指被清朝分封為王的吳三桂等明朝三降將。滿清之入主中原及對付南明政權，多賴明朝降將之力，故起初不惜以高官厚祿以籠絡之。清廷在入關之初便封吳三桂為平西王，順治六年(1649年)又封孔有德為定南王、尚可喜為平南王、耿仲明為靖南王。後來耿仲明、孔有德先後自殺，耿仲明之子耿繼茂(?-1671)承襲父爵。南明政權被消滅後，平西王吳三桂鎮守雲南，兼轄貴州;平南王尚可喜鎮守廣東;靖南王耿繼茂(後由子耿精忠代﹐鎮守福建)。此即所謂 「三藩」，他們手握重兵，割據一方﹐專橫跋扈，其中尤以吳三桂之勢力為大。

康熙執政後，因大明宗室消滅殆盡，無須再豢養一批漢奸為鷹犬了，時三藩勢力很大，「天下財富半耗於三藩」，滿族親貴多嫉視之。清廷眼見諸藩坐大，尾大不掉，漸成中央心腹之患，遂圖謀裁撤。康熙十二年(]673年)，尚可喜以年事已高，上表請撤藩告老，獲准。吳三桂與耿精忠均不自安，不得已以退為進，聯同上表疏請撤藩，以探朝旨。三桂等之請求撤藩，原屬虛與委蛇．孰料弄假成真，康熙帝竟一一照准，於是反意遂決。

康熙十二年，吳三桂 「於十一月二十一日發兵反，殺巡撫朱國治，執按察使以下之不屈者。移檄遠近，自稱天下都招討兵馬大元帥，以明年為周元年，蓄髮，易衣冠，旗幟皆白」。數月之間，貴州、廣西、四川、湖南等省均為之克服。次年(1674年)，耿精忠亦反，陷福建全境，其地反清勢力乘勢而起。至康熙十五年(1676年)，尚可喜的兒子尚之信又叛應之，一時戰氛瀰漫了半個中國。

三藩雖起兵反清，然彼等因無恥投敵，引狼入室，早被漢族民眾所唾棄，故擁之者寡。另吳三桂老成持重、優柔寡斷，兵至湖南不敢迅即渡江，遂給清廷贏得反攻之機。康熙帝採取以漢制漢、安撫與征剿並舉之策略，先迫使耿、尚等重新附清，然後全力對付吳三桂。吳三桂一度在湖南衡陽稱帝，建國號為周。不久，三桂病死，其孫吳世璠繼立，退居雲、貴。康熙二十年(1681年)，清兵攻入昆明，世璠自殺，清乃 「懸世璠首於市，析三桂骸骨傳示天下」。長達八年的 「三藩之亂」至是遂告平息。

陳佳榮“南溟網”(http://www.world10k.com)_教學研究_
《中國歷代之興治亂衰亂亡》第廿三章_清初之閉關